Получен ответ департамента образования по вопросу несовпадения серии и номера диплома и приложения к нему.

самое главное что написано:

"Согласно приказу Министерства образования и науки РФ от 01.10. 2013 г. № 1100 «Об утверждении образцов и описаний документов о высшем образовании и о квалификации и приложений к ним», нумерация бланков приложения осуществляется независимо от нумерации бланков титула."